правомерно ли наказание руководителя организации?

Добрый день, Татьяна.

Наказание вполне правомерно. На основании Кодекса об административных правонарушениях, привлечение к административной ответственности юридического лица не препятствует привлечению к ответственности должностное лицо за совершение административного правонарушения, заключающегося в неисполнении или ненадлежащем исполнении своих должностных обязанностей. поэтому все законно​ 

Юридическая помощь по административным спорам, обращайтесь.